Высота шалфея может достигать 75 см. Стебли ветвистые, сильно-облиственные, внизу деревянистые, а вверху травянистые, по форме четырехгранные.
Листья шалфея лекарственного супротивные, черешковые, продолговато-яйцевидные, длиной до 10 см, опушенные, серовато-зеленые. Стебель и ветви оканчиваются мутовчато-расположенными цветками в виде прерывистых верхушечных кистей. Цветки сине-фиолетовые, реже — светло-розовые или белые. Цветет шалфей в июне — июле.
